Le domaine des sciences naturelles implique 2 de ses instituts, « Écologie & Environnement » (E&E) et « Terre et Univers » (T&U). L’Institut E&E contribue notamment à construire et à fournir les bases scientifiques pour une meilleure gestion des milieux, des ressources et des patrimoines, à préserver et renforcer les services de la biodiversité et des écosystèmes, à diffuser les concepts et les connaissances dans la société et dans tous les autres domaines scientifiques. Structuré autour des observatoires des sciences de l’Univers, et engagé dans des programmes nationaux et internationaux, l’institut T&U ouvre des pistes pour répondre aux grands défis scientifiques actuels de l’Univers et de la Terre. Les enjeux de ses recherches concernent notre vie sur la Planète (effets du changement climatique, solutions pour un développement durable, évaluation des énergies renouvelables, anticipation des risques naturels) mais aussi la formation et l’évolution de l’Univers.
Le CNRS est engagé dans la production et la diffusion des connaissances sur les diversités biologiques et géologiques, notamment via son groupe de travail « échantillons et données » et son engagement au sein de Récolnat. Les échantillons de bio- et géosciences offrent un potentiel de recherche unique face aux défis imposés par la crise climatique mondiale. Leur importance est devenue fondamentale car ils peuvent se substituer, ou minimiser, l’acquisition d‘échantillons coûteux en dépenses énergétiques et financières. Plusieurs millions d’échantillons, identifiés et bien localisés, sont hébergés dans nos laboratoires et institutions. Ils sont un support indispensable dans l’acquisition de jeux de données de régions d’études lointaines ou nécessitant des proxys à l’échelle globale.