Les Herbonautes sont ainsi invités à repérer des informations présentes sur les images (lieu et date de la collecte, récolteur, coordonnées géographiques, etc.) et à les transcrire dans des champs d’information en lien avec la base de données. À cette fin, le programme met en place des missions qui comportent un lot d’images sélectionné dans l’objectif de répondre à des questions scientifiques, historiques ou muséales. D’une part, ces missions sont des quêtes ludiques, les contributeurs vont passer des niveaux, gagner des badges, accéder au podium des « tops contributeurs », etc. D’autre part, il s'agit de quêtes collaboratives, les réponses et les informations apportées pour chaque image, seront coconstruites par les contributions et les échanges entre plusieurs Herbonautes.
Depuis sa création en 2013 par le Muséum national d’histoire naturelle, ce programme de science participative consigne plus de 7 millions de données renseignées et validées. Les Herbonautes ont ainsi contribué à l’informatisation et à la mise à disposition pour la recherche, les métadonnées et les données descriptives de plus de 581 000 spécimens de collections d’herbier.
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