L’origine des collections du muséum d’histoire naturelle de Perpignan remonte au cabinet de curiosités créé en 1770 par la faculté de médecine de l’université. Le 4 août 1840, par convention, la ville de Perpignan acquiert le cabinet d’histoire naturelle de la Société et fonde enfin le musée d’histoire naturelle de Perpignan. Le muséum d’histoire naturelle conserve aujourd’hui des collections de référence sur la faune et la flore des Pyrénées-Orientales. L'importante collection de minéraux retient l'attention des spécialistes pour sa diversité et celle des curieux pour la beauté de certaines pièces. Le muséum expose également plusieurs spécimens exotiques, au sein desquels l’ornithologie est très représentée, des objets archéologiques dont une rarissime momie égyptienne, et une très belle collection d’ethnologie provenant en majorité d’Océanie. Les réserves du musée, riches en fossiles, mollusques, poissons et oiseaux exotiques sont accessibles sur rendez-vous aux chercheurs qui souhaitent consulter les collections, par le biais d’une demande écrite motivée.